Dans le cadre de l'animation du site, un groupe de travail rassemblant usagers et services de l'Etat s'est réuni à deux reprises en 2016 pour travailler sur l'élaboration d'une charte d'engagement de bonnes pratiques pour la fréquentation du secteur des Etocs et de Locarec, zone particulièrement riche et sensible. Cette charte a été validée en Comité de pilotage du 10/01/2017, et elle est désormais proposée à la signature de toutes les structures de sports et loisirs nautiques fréquentant le site, associations de plaisanciers, clubs de plongée, etc.
La charte Natura 2000 vise à favoriser la poursuite, le développement et la valorisation des pratiques favorables à la conservation des habitats et des espèces d’intérêt communautaire présents sur le site. Il s’agit de « faire reconnaître » ou de « labelliser » la gestion qui a permis ou permet le maintien de ces habitats et espèces remarquables dans un bon état de conservation. Démarche volontaire et contractuelle, l’adhésion à la charte marque un engagement fort aux valeurs et aux objectifs de Natura 2000. Chaque structure, ou personne en nom propre, souhaitant marquer son engagement en faveur de Natura 2000, peut adhérer à la charte.
La charte de bonnes pratiques liste des recommandations et propose des engagements aux acteurs souhaitant s’impliquer dans la préservation de cet archipel d’une grande richesse.