Les sites Natura 2000 Roches de Penmarc'h présentent un patrimoine naturel riche et diversifié.
Les habitats marins
Les fonds rocheux
- Dans la zone médiolittorale (estran découvrant à marée basse), les champs de blocs présentent une diversité biologique particulièrement importante
- Plus bas, au niveau de l'étage infralittoral, les forêts de laminaires abritent un grand nombre d'espèces
- Au-delà, les roches et blocs circalittoraux accueillent une riche faune fixée (gorgones, éponges, roses de mer, algues sciaphiles...)
Les fonds meubles
Les substrats sédimentaires qui alternent avec les substrats durs contribuent à cette richesse biologique :
- Les habitats de sables fins, pouvant accueillir des herbiers de zostères
- Les sables grossiers et graviers, en mosaïque avec la roche dans la frange côtière du site
Les mammifères marins
Le site Roches de Penmarc'h est régulièrement fréquenté par trois espèces d'intérêt communautaire :
- Le grand dauphin Tursiops truncatus
- La marsouin commun Phocoena phocoena
- Le phoque gris Halichoerus grypus. Depuis 1995, un groupe de phoques s'est installé sur les Etocs, écueils rocheux situés à 2 milles nautiques au sud de Kérity. Des comptages des individus sont régulièrement organisés.
L'avifaune
Des espèces marines...
Au carrefour de la mer d'Iroise et du Golfe de Gascogne, le site Natura 2000 est un lieu de passage et de stationnement important d'oiseaux pélagiques.
Certaines espèces, comme le Fou de bassan, sont présentes toute l'année. D'autres espèces, comme le Puffin des Baléares, le Puffin des anglais, l'Océanite tempête ou la Mouette pygmée ne sont présents à la côte qu'en période de migration (printanière ou automnale). Enfin, des espèces nordiques comme les plongeons stationnent au large pendant la saison hivernale.
... et littorales
La frange côtière du site accueille aussi des espèces davantage inféodées au rivage, telles que les sternes, les laridés (goélands, mouettes) ou les cormorans. Certains y nichent (goélands) quand d'autres s'y concentrent en nombre (Grand cormoran, Aigrette garzette, limicoles). Les importants platiers rocheux découverts à marée basse ou lors des faibles coefficients de marée représentent des zones de reposoirs et/ou d'alimentation importantes pour ces oiseaux.
Cependant, le périmètre du site n'englobe qu'une faible partie de ces secteurs côtiers.